Patronem Gimnazjum jest Święty Jan Paweł II. Karol Wojtyła urodził się 18 maja 1920 roku w Wadowicach. Święcenia kapłańskie przyjął 1 listopada 1946 roku. Od 1958 roku biskup, a od 1964 arcybiskup i metropolita archidiecezji krakowskiej, od 1967 roku kardynał. 16 października 1978 roku został wybrany 264 papieżem Kościoła Katolickiego i przyjął imię Jan Paweł II. Człowiek mądry, w pełni oddany Bogu, Kościołowi i ludziom. Zmarł 2 kwietnia 2005 roku w Rzymie. Beatyfikowany 1 maja 2011 roku, kanonizowany 27 kwietnia 2014 roku.
Uroczyste nadanie Gimnazjum Nr 2 w Choczni imienia Świętego Jana Pawła II oraz poświęcenie sztandaru szkoły miało miejsce 25 października 2014 roku.
Dzień Patrona szkoły obchodzony jest 22 października.
Hymn gimnazjum - Leć muzyczko
Z gniazda co przetrwało próby czas
W którym ran jest tyle ilu nas
Wzbił się w niebo niczym biały orzeł
Urzeczony blaskiem gwiazd
Tak jak strumień co wypływa z gór
Niosąc wodę dla spragnionych pól
Swoim słowem nas do miasta wiedzie
Gdzie anielski śpiewa chór
Ref. Leć muzyczko do niebiańskiej krainy
Powiedz Bogu, że go za to wielbimy
On ducha w podarte żagle tchnął
W dniach niedoli pod opiekę wziął
Swą ojczyznę jak łupinkę kruchą
Na szerokie wody pchnął
Dostrzegając w nas wolności głód
Mocą Boga Ojca sprawił cud
Suchą stopą przez „czerwone morze”
Przeprowadził polski lud
Leć muzyczko...
Tuląc w swych ramionach życia dar
Mową roztaczając prawdy czar
Doł sie poznać jako śwarny baca
Strzegąc stada pośród hal
Leć muzyczko...
Dni znikają tak jak biały dym
Co przed laty uniósł się nad Rzym
Chociaż rzeka czasu rwie do przodu
On jest z nami a my z nim
Leć muzyczko...